奥尼尔在一场球队会议上表示，“我有一些话要说，我认为科比打得太自私”。奥尼尔对于自己在球队的地位感到有压力，并反感科比的投篮选择。队友罗恩·哈珀试图调解奥尼尔和科比之间的矛盾。杰克逊说，“科比并不自私，他只是感觉这样打球可以帮助球队。渐渐地，他发现采取不同的方式也可以为球队贡献更多。”那个赛季来临时，温特对于奥尼尔讨厌科比的程度感到吃惊。“奥尼尔心里对科比充满痛恨，科比只是接受并继续前进”。奥尼尔经常向管理层抱怨，球队拥有科比这样的球员永远拿不到总冠军。温特还发现奥尼尔影响到整支球队都在反对科比。温特认为那个赛季科比主动做出改变，把球传给奥尼尔，但后者并没有感激科比所作出的一切。那一年的全明星赛，科比没有参加扣篮大赛与文斯·卡特一较高下，而是听取杰克逊的教诲，将个人成就抛在身后，专注于球队的表现。在全明星赛的热身中，奥尼尔模仿科比交叉步运球，但随后将球扔到看台，以此嘲讽科比的失误。奥尼尔表示这是他和科比心知肚明的笑话。教练们都相信进攻的结构性可以使他们在场上的关系不断缓和。教练们还告诉球队，他们在科比身上并没有看到其他球员所描述的自私自利。温特甚至还特地编辑了一个视频，向奥尼尔展示科比打球的方式是正确的

2006年1月22号，科比得到了职业生涯单场最高的81分，带领湖人以122-104战胜了多伦多猛龙队，并且打破了之前由埃尔金-贝勒保持的湖人球员单场最高的71分记录。科比的81分是NBA历史上的第二高得分，仅次于张伯伦在1962年创造的单场100分纪录。然而张伯伦的单场100分是由于队友不停地给篮下的他喂球，并且比赛赢得十分轻松。而科比的81分大多来自外线的投射并且是在半场时落后14分、直到第四节才追上的情况下创造的。张伯伦打球的年代是一个进攻频率更高、有更多得分机会的年代，球队以169-147赢得比赛，他的100分只占全队得分的59%。而科比的81分占到全队122分的66%。在同一个月，科比成为1964年以来第一个连续四场比赛都得到45+分的球员，加入到张伯伦和贝勒的行列。2006年1月，科比单月场均43.4分，位列NBA历史上单月场均得分第8位，也是张伯伦之外，唯一拿到这个数据的球员。在这个赛季，他创造了湖人队史单赛季40+分场次最多（27次）和单赛季个人总得分最多（2832分）的纪录。这赛季他以场均35.4分首次成为联盟的得分王，也成为NBA历史上第5位单赛季场均得分超过35分的球员。在常规赛MVP投票中位列第4名，但他共得到了22张第一名选票，这个数字仅次于当年的MVP史蒂夫-纳什。湖人常规赛以45胜37负的战绩收兵，比上个赛季足足多了11个胜场，整个球队也磨合得更加默契。 赛季后期，有报道说科比将在2006-07赛季开始将球衣号码由8号改为24号。科比高中时在穿33号球衣之前，穿的就是24号。在湖人队赛季结束后，科比向TNT透露他换回24号就是想让自己像个新秀一样去打球，由于湖人队已经为贾巴尔退役了33号球衣，只剩下24号可以选择。科比选择8号球衣是因为在Adidas的ABCD训练营时穿的143号，8只是把1、4、3加起来而已。在季后赛第一轮，湖人队开局以3比1领先菲尼克斯太阳队，科比竭尽全力在第四场的常规时间投进关键球，把比赛拖进加时，并在加时赛中压哨绝杀对手。在第六场中，湖人还差6秒本来就可以4：2淘汰西部二号种子太阳队，但是最终被迫打入加时并以118-126惜败。尽管科比在这个系列赛中场均27.9分，但是最后湖人还是崩溃了，以3:4输掉了系列赛。科比因为在对阵太阳第七场比赛下半场只出手三次而遭到了很多批评。2006年赛季后科比接受了膝盖手术，没能参加2006年的世界男篮锦标赛。 2006-07赛季，科比第9次入选全明星赛，在2月18日的全明星赛中，他砍下31分、6次助攻、6个抢断，得到生涯第2座全明星赛MVP奖杯。在本赛季，科比在场上卷入很多事件。1月28日对马刺的比赛中，他在投绝杀球时，肘部撞到了马努-吉诺比利的脸上。经联盟审查，科比在接下来客场对尼克斯遭到了禁赛。禁赛的依据是科比在投篮向后挥动胳膊时有一个不自然的故意伤害动作。之后在3月6日，他在对森林狼的比赛中重复了这个动作，这次的受害者是后卫马科-贾里奇。一天后，联盟再次决定对科比禁赛一场。3月9号，在他回归后的第1场比赛，又肘击了凯尔-科沃尔的脸部，这次被判为一级恶意犯规。 3月16日，科比在主场对阵波特兰开拓者的比赛中拿下了个人赛季新高65分，帮助湖人队结束七连败，这是他11年职业生涯的第二高分。接下来对阵森林狼队他得到50分，客场对阵灰熊队得到60分，成为湖人队史上第二个连续三场得到50+分的球员，同时也是继迈克尔-乔丹1987年连续三场50+分之后的第一人。湖人队另外一个取得这个数据的球员是埃尔金-贝勒，他在1962年12月创造了连续三场50+分的记录。在之后对阵新奥尔良黄蜂队时，科比又得到50分，成为了NBA历史上第二位连续四场得分50+的球员，第一位是张伯伦，一次连续五场50+分，一次连续七场50+分。这个赛季，科比共完成了10次单场50+分的表演，历史上也只有张伯伦才取得这个成就。科比连续第二个赛季拿下得分王称号。这个赛季，科比的球衣销量在美国和中国都位列第一，媒体认为这个佳绩来源于科比换球衣号码，以及全明星级的表现。2007年季后赛，湖人队在第一轮大比分1:4再次输给太阳队。